「捜シ者」とその配下によって占拠された研究所へと飛び込んだコード：ブレイカーたち。そこで待ち受けていたのは、「捜シ者」配下の異能者たちとの苛烈な闘いだった。リリィの発散する神経毒により追いつめられる遊騎！　自分の事を知る、謎の異能者・仙堂と対峙する刻！　　死闘の後、「捜シ者」がその正体を明かす！！

手のひらに載るほど小さくなってしまった桜を元に戻すため、大神達は学校の生徒会室へと向かう。いかにも怪しい入り口を抜け入った部屋の中は、本と着ぐるみが溢れる不思議空間！　そこで待っていた「現代の魔術師」は、超意外な人物だった‥‥！？　一方、そのころ新宿の街では『Ｒｅ−ｃｏｄｅ』達による恐るべき惨劇が起こっていた！！

総理の命を狙うため現れた人見と激闘する大神！　その最中、大神の様子が一変し、消失したはずの異能を振るい人見に反撃を開始する！！　因縁深き新旧『コード：ブレイカー』の闘いの行方は‥‥！？　そして人見が胸に秘める、その真意とは‥‥！？

小さくなってしまった会長を元に戻すため、「渋谷荘」の地下へと向かった会長と桜、大神達を待っていたのは怪しい部屋と、それを護る美少女カラクリ人形！　かたくなに部屋を護るカラクリ人形と、桜の知られざる過去とは！？　そして怪しい部屋に隠された秘密を求め、「渋谷荘」に恐るべき敵が襲来する‥‥！！

Ｇ━ファルコンの背後にいた黒幕のヤクザたちを燃え散らし、さら桜が止めるのも聞かずに、突入して来た警察官たちをも燃え散らして行く大神！！　大神はただの殺人鬼だったのかとショックを受ける桜だったが、大神の口から語られたのは驚くべき“真の悪”の存在だった！！

神田から、何者かに命を狙われていると告げられた桜。大神と刻は「コード：ブレイカー」として桜の命を護るという任務を受け桜小路家へ向かう。深夜、突然襲いかかって来たのは異様な技を持つ刺客たち！　しかし大神と刻は激闘のさなか異能に異変をきたし意外な姿をさらす！！　絶対的不利のなか桜の命運は‥‥！？

日本の内閣総理大臣にして刻の父、藤原総理の乗った車が突如、爆破された！　偶然、その場に居合わせた大神と桜の前に現れた爆破の犯人は元コード：ブレイカー最強の男・人見！　総理の命を巡り新旧コード：ブレイカーの壮絶な戦いが始まる！